В феврале 2013 года владелец «ФК Краснодар» Сергей Галицкий сообщил о намерении создать летом фарм-клуб и заявить его во Второй дивизион чемпионата России.
27 мая 2013 года Галицкий подтвердил, что «Краснодар-2» заявлен во вторую лигу «Зона Юг»
12 июля 2013 года «Краснодар-2» сыграл свой первый официальный матч с новороссийским «Черноморцем»
В июне 2018 года перешел в ФНЛ заняв место ФК «Анжи», восстановившегося в РФПЛ после исключения «Амкара» из турнира.
Сезон 2019/2020 - 15 место из 20 в ФНЛ (чемпионат был прерван досрочно из-а пандемии коронавируса).