В феврале 2013 года владелец "ФК Краснодар" Сергей Галицкий сообщил о намерении создать летом фарм-клуб и заявить его во Второй дивизион чемпионата России.
27 мая 2013 года Галицкий подтвердил, что "Краснодар-2" заявлен во вторую лигу "Зона Юг"
12 июля 2013 года "Краснодар-2" сыграл свой первый официальный матч с новороссийским "Черноморцем"
В июне 2018 года перешел в ФНЛ заняв место ФК "Анжи", восстановившегося в РФПЛ после исключения "Амкара" из турнира.
2019/2020 - 15 место из 20 в ФНЛ (чемпионат был прерван досрочно из-за пандемии коронавируса).
2020/2021 - 16 место из 22 в ФНЛ
2021/2022 - 11 место из 20 в ФНЛ
2022/2023 - 17 место из 18 в Первой лиге (бывш. ФНЛ) - вылет во вторую лигу