Инициатором создания и владельцем клуба является крупный предприниматель Сергей Галицкий.
В феврале 2008 г. прошёл процедуру лицензирования ПФЛ, получил профессиональный статус и право выступать во втором дивизионе.
Первый официальный матч команда провела 12 апреля 2008 года в Таганроге на стадионе "Торпедо", сыграв вничью 0:0 с клубом "Ника" Красный Сулин).
Первая победа клуба на профессиональном уровне состоялась 16 апреля 2008 года - над "Жемчужиной-Сочи"
Команду составляли молодые игроки, которыми руководил Владимир Волчек. Под его руководством "Краснодар" завершил первый круг первенства в зоне "Юг" второго дивизиона на 5-м месте.
Во время летнего трансферного окна клуб укрепил состав несколькими футболистами, и под руководством обновленного тренерского штаба вышел на новый качественный уровень игры. В итоге клуб занял 3-е место.
15 января 2009 года в офис клуба пришло официальное письмо из ПФЛ с просьбой сообщить о готовности принять участие в первенстве России в 1-й лиге в сезоне 2009 года в связи с отказом по финансовым причинам некоторых клубов от участия в первенстве. Дебютный сезон в первом дивизионе "Краснодар" завершил на 10-м месте, причём в одном из матчей "быки" обыграли фаворита "Аланию" со счётом 5:1. В следующем году командой руководил новый тренер — Сергей Ташуев, известный по работе с "Салютом-Энергией". Под его руководством "Краснодар" ярко провёл первый круг первенства, но во втором играл заметно хуже. В итоге команда завершила сезон на 5-м месте и вышла в 1/8 финала Кубка России. По окончании сезона Ташуев по обоюдному согласию сторон покинул клуб.
В декабре 2010 года руководство "Краснодара" объявило о подписании контракта с сербским специалистом Славолюбом Муслиным.
После того, как "Сатурн" и "Амкар" подали заявление о добровольном выходе из премьер-лиги, развернулась дискуссия о потенциальных кандидатах на замену этим клубам. Назывались следующие команды: занявшие 3 и 4 место в первом дивизионе "Нижний Новгород" и "КАМАЗ", а также "Алания", выбывшая из премьер-лиги. Однако, в случае снятия обеих команд приоритетным считался вариант проведения чемпионата с 14-ю командами. В итоге ближе к 25 января 2011 года — дню принятия решения — всё более предпочтительными становились шансы "Краснодара". "Амкар" отозвал заявление на выход из премьер-лиги, "Нижний Новгород" и "КАМАЗ" отказались от перехода в высший дивизион по финансовым причинам, а вариант с "Аланией" РФПЛ отклонила в связи с рекомендациями УЕФА о соблюдении спортивного принципа, который не разрешает оставлять команду, вылетевшую по итогам сезона. 25 января "Краснодар" официально занял место "Сатурна" в Премьер-лиге. За 3 сезона клуб проделал путь от создания до выхода в Высший дивизион страны.
В российской Премьер-Лиге "Краснодар" дебютировал в сезоне-2011/2012 и сходу занял 9-е место среди 16-ти команд. В следующем чемпионате финишировали 10-ми.
В сезоне-2013/2014 под руководством возглавившего коллектив в начале сентября 2013 года Олега Кононова Чемпионат страны "Краснодар" завершил на 5-м месте, которое дало команде право дебютировать в Лиге Европы. Кроме того, черно-зеленые смогли дойти до финала Кубка России, где уступили лишь в серии послематчевых пенальти.
Дебют "Краснодара" на европейской арене можно признать удачным. В квалификационных раундах Лиги Европы "быки" поочередно прошли эстонский "Силламяэ Калев", венгерский "Диошдьер" и достаточно именитый испанский "Реал Сосьедад". Барьер группового этапа черно-зеленым преодолеть не удалось, однако команда достойно сражалась с такими известными в Европе клубами, как английский "Эвертон", немецкий "Вольфсбург" и французский "Лилль".
По итогам сезна-2014/2015 "Краснодар" завоевал первые медали Чемпионата России – бронзовые, причем набрал очков столько же, сколько и серебряный призер ЦСКА – 60, но уступила армейцам по общему количеству побед.
В чемпионате России 2015-2016 гг. - 4 место, дающее право вновь стартовать в Еврокубках. В розыгрыше Кубка России дошли до полуфинала, а в Лиге Европы УЕФА сумели выйти в нокаут-стадию с первого места из группы, опередив такого грозного соперника, как дортмундская "Боруссия". Дальше 1/16 финала "Краснодар" продвинуться по турнирной сетке не смог, уступив по сумме двух матчей пражской "Спарте".
Результаты в чемпионате России:
2017-2018 гг. - премьер-лига - 4 место
2018-2019 гг. - премьер-лига - "бронза"
2019-2020 гг. - премьер-лига - "бронза", в связи с пандемией коронавируса чемпионат завершился лишь 22 июля.
