От начала переселения черноморских казаков на Кубань (1792—1794) в церковном отношении они оставались на попечении епископов Екатеринославских и Херсонеса Таврического.
С 1799 по 1820 Кубанское духовенство непосредственно подчинялось Астраханской епархии.
Далее были образованы епархии Донская и Кавказская, а затем Новочеркасская и Георгиевская, куда входила Кавказская область с войском Черномории.
4 апреля 1842 Святейшим Синодом была учреждена самостоятельная Кавказская епархия, и её епископу было повелено именоваться "Кавказский и Черноморский". Духовенство Кавказского линейного казачьего войска было подчинено этой епархии, а духовенство закубанских станиц передано в подчинение главного священника Кавказской армии. Епископ стал титуловаться с 30 июля 1867 "Кавказским и Екатеринодарским".
В 1885 произошло разделение Кавказской и Екатеринодарской епархии. Приходы Терской области отошли к Владикавказской епархии, а Черноморского округа (с 1896 — губернии) — к Сухумской епархии Грузинского экзархата. Основная часть бывшей Кавказской епархии, включавшая территорию Кубанской области и Ставропольской губернии, определилась в Ставропольскую епархию.
Начало образования самостоятельной Кубанской епархии было положено в 1916 Указом Святейшего Синода от 30 сентября о наделении викарного епископа Ейского викариатства особыми полномочиями и Указом от 12 октября 1916 о наименовании викарного епископа — Кубанским и Екатеринодарским.
В самостоятельную епархию Кубанское викариатство из состава Ставропольской епархии было выделено определением Южно-Русского Поместного Собора (г. Ставрополь) в мае 1919 г. 18 июня 1919 г. Временное Церковное управление на Юго-востоке России привело это определение в исполнение.
После 1922 года епархия особенно сильно пострадала от обновленчества.
12 марта 2013 года решением Священного Синода Русской Православной Церкви Екатеринодарская епархия была преобразована в Кубанскую митрополию с разделением на 5 епархий (при этом осталась новая небольшая Екатеринодарская епархия в составе городов Краснодар, Горячий Ключ, Сочи и Абинский, Апшеронский, Белореченский, Динской, Красноармейский, Северский, Туапсинский районов), а 28 декабря 2018 г. из Екатеринодарской епархии выделена Сочинская епархия, включившая в себя Сочи и Туапсинский район.
Правящие епископы:
Кубанское и Екатеринодарское викариатство Ставропольской епархии
Иоанн (Левицкий) (13 сентября 1916 — май 1919)
самостоятельная епархия
Иоанн (Левицкий) (май 1919 — ноябрь 1919)
Димитрий Вербицкий (ноябрь 1919 - 1920)
Антоний (Храповицкий) (1920) в/у, митр. Киевский
Сергий Лавров (1920)
Иоанн (Левицкий) (1921 — сер. 1922) уклонился в обновленчество
Иннокентий (Летяев) (15 октября 1923 — 1 октября 1927)
Трофим (Якобчук) (1926)
Феофил (Богоявленский) (1927 — 25 января 1933)
Феодосий (Вощанский) (февраль — июль 1933) в епархии не был
Памфил (Лясковский) (29 июля 1933 — 23 января 1936)
Софроний (Арефьев) (февраль 1936 — 12 декабря 1937)
Никодим (Гонтаренко) (31 августа 1942 — август 1943)
Фотий (Тапиро) (25 июля 1943 — 26 декабря 1944)
Флавиан (Иванов) (8 января 1945 — 19 октября 1949)
Гермоген (Кожин) (19 октября 1949 — 15 апреля 1954)
Никандр (Вольянников) (1954) в/у
Иннокентий (Зельницкий) (1954) в/у
Борис (Вик) (11 ноября 1954 — 25 апреля 1956)
Сергий (Костин) (25 апреля — 31 мая 1956) в/у, епископ Новороссийский