Впервые наименование «Ейское городское поселение» было закреплено в Законе Краснодарского края № 1255-КЗ от 28 июня 2007 года после проведения референдума 27 мая 2007 года по объединению города Ейска и Ейского района в единое муниципальное образование. По мнению части жителей города Ейска наименование «Ейское городское поселение» появилось в результате неверного толкования итогов проведённого референдума. Согласно позиции ейчан, на референдуме решался вопрос об изменении статуса, а не наименования муниципального образования. Таким образом, замена наименования «город Ейск» на «Ейское городское поселение» является необоснованной и неправомерной. В связи с этим жители Ейска выступили в Законодательном собрании Краснодарского края с инициативой о возвращении муниципальному образованию наименования «город Ейск». Их мнение поддержали независимые юристы и эксперты в области муниципального права. Однако, Законодательное Собрание предложение ейчан отклонило.
МО «Ейское городское поселение» образовано по итогам референдума 27 мая 2007 года в ходе преобразования муниципального образования «город Ейск» путём изменения статуса городского округа на статус городское поселение.