Трудовую деятельность начал прицепщиком в колхозе. Служил в Советской Армии. С 1966 года — агроном, затем — заместитель председателя колхоза "Красная звезда".
С 1969 по 1982 год находился на партийной работе: был вторым секретарём Динского райкома КПСС, инструктором Краснодарского крайкома КПСС, первым секретарём Динского райкома КПСС. В 1982 году был назначен генеральным директором Северо-Кавказского объединения сахарной промышленности. С 1984 по 1987 год — заведующий отделом сельского хозяйства, затем — второй секретарь Краснодарского краевого комитета КПСС. С 1987 по 1990 год — председатель исполкома Краснодарского краевого Совета народных депутатов.
В 1989 году был избран народным депутатом СССР, входил в депутатскую группу коммунистов и депутатскую группу "Союз". В 1990 году был избран народным депутатом и председателем Краснодарского краевого Совета, в августе 1991 года решением Президиума Верховного Совета РСФСР был освобождён от этой должности в связи с поддержкой попытки "государственного переворота ГКЧП; против него было возбуждено уголовное дело по ст. 64 УК РСФСР "За измену Родине" (через год это решение было признано неправомерным и отменено).
Работал директором стеклотарного завода ПО "Краснодарстекло", генеральным директором предприятия "Резерв-табак", заместителем директора АО "Кубаньгазпром", первым заместителем генерального директора акционерного комбината "Кубань", в объединении "Краснодарглавснаб". Одновременно занимался фермерством, читал лекции в Кубанском аграрном университете. В апреле 1993 года на дополнительных выборах был избран народным депутатом РФ. В декабре 1993 года был избран в Совет Федерации, являлся членом Комитета по аграрной политике.
В декабре 1993 г. Кондратенко при поддержке коммунистических, национал-патриотических и казачьих организаций избран депутатом Совета Федерации. Был членом комитета Совфеда по аграрной политике и входил в депутатское объединение "Конструктивное сотрудничество". В начале 1994 г. вместе с депутатом Госдумы С. Глотовым был одним из организаторов кубанского движения "Отечество", в состав которого вошли коммунистические и национал-патриотические партии и движения, действующие на территории края. В 1994 и 1998 гг. "Отечество" получало большинство мест в Законодательном собрании Краснодарского края.
Обладая большой популярностью среди населения (у которого сохранились самые благоприятные воспоминания о периоде его руководства краем) получил в народных массах уважительное прозвище "батька Кондрат".
В декабре 1996 года победил на выборах главы администрации Краснодарского края, получив поддержку 82 % избирателей, участвовавших в голосовании, на выборах был поддержан КПРФ, НПСР и краснодарской общественно-политической организацией "Отечество". С января 1997 года по январь 2001 года был губернатором Краснодарского края, по должности был членом Совета Федерации РФ, где являлся членом Комитета по бюджету, налоговой политике, финансовому, валютному и таможенному регулированию, банковской деятельности. В 2000 году отказался от участия в выборах.
С января 2001 года по декабрь 2003 года — представитель в Совете Федерации РФ от администрации Краснодарского края, член Комитета Совета Федерации по аграрно-продовольственной политике.
7 декабря 2003 г. - избран в Государственную Думу четвёртого созыва по федеральному списку избирательного объединения КПРФ, был членом фракции КПРФ, членом Комитета по аграрным вопросам.
С 30 января 2008 г. - член Совета Федерации, где представлял Законодательное собрание Краснодарского края.
Скончался 23 ноября 2013 года от рака желудка. Похоронен на Пластуновском кладбище.
"Запомните, братцы, так будет до тех пор, пока вот здесь, напротив здания Администрации, на больших платанах, мы утром, проснувшись, увидим трех повешенных, а на груди каждого из них будет написано: "За измену советской Родине!" Соберется большая толпа и дико закричит: "За что повесили людей?" В толпе, естественно, найдутся люди, которые объяснят, что в этой жизни натворили повешенные. А тогда толпа ещё пуще закричит: "Надо казнить ещё и того, и того, и того!" (2003)
