В 1976 году окончил школу лётчиков-испытателей и был направлен на испытательную работуна испытательную работу на авиазавод в Улан-Удэ, но вскоре с помощью шеф-пилота ОКБ Микояна Александра Федотов был переведён на эту фирму.
В 1979 году заочно окончил Московский авиационный институт.
В 1976—1991 годах — лётчик-испытатель ОКБ имени Микояна.
За время работы освоил более 50 типов самолётов. Работал в Крыму по тематике самолётов корабельного базирования. Первым в СССР совершил беспосадочный полёт в район Северного полюча и с двумя дозаправками в воздухе. 1 ноября 1989 года произвёл посадку и первый в истории отечественной авиации взлёт истребителя (МиГ-29К) с палубы тяжёлого авианесущего крейсера "Тбилисси".
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 31 октября 1988 года за мужество и героизм, проявленные при испытании новой авиационной техники, Токтару Онгарабаевичу Аубакирову было присвоено звание Героя Советского Союза.
6 ноября 1990 года был удостоен звания Заслуженного лётчика-испытателя СССР.
В 1991 годув соответствии с договорённостью между правительствами СССР и Казахской ССР приступил к тренировкам в Центре подготовки космонавтов имени Гагарина.
2 октября 1991 года стартовал в космос вместе с Александром Волковым (командир экипажа при старте) и австрийским космонавтом Фибёком в качестве космонавта-исследователя космического корабля "Союз ТМ-13". В течение недели работал на борту орбитального комплекса "Мир". Продолжительность пребывания в космосе составила 7 дней 22 часа 13 минут. 10 октября 1991 года возвратился на Землю.
Поскольку Токтар Аубакиров совершил космический полёт, уже имея звание Героя Советского Союза, а повторные награждения "Золотой Звездой" с 1988 года были отменены, за свой единственный полёт в космос он был награждён орденом Октябрьской Революции.
После распада СССР живёт в Казахстане.
С апреля 1992 года — первый заместитель председателя Государственного комитета по обороне Республики Казахстан, помощник президента Казахстана по освоению космоса.
