Начало футбольному клубу "Жемчужина" было положено 26 декабря 1990 года, когда приехавший из Новороссийска мэр Сочи Сергей Дерендяев решил создать в городе команду с помощью хорошо знакомого ещё по Новороссийску Арсена Найдёнова
После долгих поисков спонсоров, команду взяли под своё финансирование гостиница "Жемчужина" во главе с Юрием Аринцевым (который также 3 года размещал футболистов в гостинице) и администрация города Сочи.
Дерендяев и Найдёнов сделали мечту сочинских любителей футбола реальностью: в городе появилась профессиональная) команда.
Своё название получила от своего первого учредителя — гостиницы "Жемчужина", представляла также администрацию города Сочи и одноимённый футбольно-спортивный клуб.
Клуб не располагал большими деньгами, сначала помогли 20 000 рублей, выделенные болельщиком, а чуть позже появился Вилен Райкис, американский еврей с российским прошлым, хозяин компании "Амерус Энтерпрайзис", выделивший команде 300 000 рублей.
В чемпионате СССР — во второй низшей лиге и в кубке РСФСР в 1991
В кубке СССР не играла.
С 1992 в чемпионате России. В первом дивизионе — в сезонах 1992 и 2000. С 2001 по 2003 и с 2008 — во втором дивизионе. С 1993 по 1999 — в высшем дивизионе. Высшее достижение — 9 место в 1994.
В 1992 году команда носила название "Жемчужина-Амерус Энтерпрайзис" в честь фирмы-спонсора Вилена Райкиса.
