Посёлок Жемчужный расположен в Нижнебаканском сельском поселении Крымского района Краснодарского края.
Посёлок расположен на реке Баканка, севернее Жемчужного проходит автомобильная трасса и железная дорога, связывающая Крымск и Новороссийск.
На хуторе расположено 7 улиц: пер. Лесной, ул. Заречная, ул. Лесная, ул. Речная, ул. Средняя, ул. Центральная, ул. Шоссейная.