Посёлок Магистральный расположен в Центральном сельском поселении Белоглинского района Краснодарского края.
Расположен в 13 км к северо-востоку от административного центра сельского поселения — посёлка Центрального (18 км. по дроге).
В посёлке расположено 4 улицы: Восточная, Новая, Молодёжная, Северная.