Река Чекон протекает вКраснодарском крае. Впадает в реку Капиляпсин, которая впадает в систему водоёмов рыбопитомника, расположенную вдоль русла Кубани. Устье сильно канализировано. Длина реки — 12 км.
По большей части водотока проходит граница между городом Анапой и Крымским районом. На реке расположены хуторы Чекон и Верхний Чекон.
Высота истока — 185 м над уровнем моря.