Евгений Михайлович Харитонов родился 4 октября 1946 года на станции Михайловская Курганинского района Краснодарского края.
Окончил Кубанский сельскохозяйственный институт по специальности "агроном" и Ростовскую Высшую партийную школу.
Трудовую деятельность начал шофёром колхоза, в дальнейшем работал агрономом, начальником районного управления сельского хозяйства, директором лесхоза.
Избирался первым секретарём Лабинского райкома КПСС Краснодарского края, председателем Лабинского районного Совета.
С 1991 по 1994 год — глава администрации Курганинского района Краснодарского края, с августа 1994 по июль 1996 года был губернатором Краснодарского края. С января по июль 1996 года по должности входил в Совет Федерации, был членом Комитета по вопросам экономической политики.
В 1996 году проиграл губернаторские выборы.
Избирался депутатом Краснодарского краевого Совета (1990).
С 1995 года являлся членом Совета НДР и председателем Совета Краснодарского регионального отделения движения, с 1007 года был членом Политсовета НДР.
