Василий Николаевич Дьяконов родился 25 июля 1946 года в станице Платнировской Кореновского района Краснодарского края.
Окончил Краснодарский политехнический институт по специальности "инженер-механик пищевых производств".
Кандидат экономических наук.
Работал в строительных организациях Краснодарского края на различных должностях, был руководителем крупнейшего на Северном Кавказе монтажного управления треста "Союзмясомолмонтаж", вице-президентом корпорации "Монтажспецстрой".
В 1990 году был избран народным депутатом РФ, входил в состав фракций "Демократическая Россия" и "Радикальные демократы".
В августе 1991 года поддержал Бориса Ельцина во время ГКЧП. После этого был назначен главой администрации Краснодарского края. Дьяконов был сторонником идеи развития приватизации и фермерства и поддерживал возрождённое казачество, создав личное казачье войско.
Был уволен в декабре 1992 года после конфликта с левой оппозицией, краевым Советом и частью исполнительной власти, а также по представлению Контрольного управления администрации президента.
В ноябре 1994 года был избран депутатом краевого законодательного Собрания, председателем Комитета по регионально-экономической политике, вопросам бюджета, банков, налогов, внешнеэкономических связей, развития малого и среднего предпринимательства.
В 1996 году баллотировался на пост губернатора Краснодарского края, занял шестое место, набрав 1,1 % голосов.